郑蒲港校区设立郑蒲港校区管理委员会(简称“管委会”)，下设综合办公室、教学办公室、学生工作办公室，具体负责郑蒲港校区的相关管理工作，接受学校职能部门的业务指导，具体工作职责如下：

　　(一)郑蒲港校区管委会

　　管委会为独立二级单位，属职能部门，负责郑蒲港校区整体运行管理相关工作。

　　(二)综合办公室

　　综合办公室为块状管理模式，主要负责党务、行政管理工作和校区保卫、后勤保障相关工作。

　　(三)教学办公室

　　教学办公室为条块结合管理模式，人员以教务处配合进行选派与监督、指导，主要负责保障校区日常教学秩序、考务等工作。

　　(四)学生工作办公室

　　学生工作办公室为条块结合管理模式。人员由学生处（团委）选派与监督、指导。主要负责校区学生管理、共青团工作，以及学生突发事件的报备和处理工作。

　　除以上三个办公室外，郑蒲港校区管委会还负责图书馆分馆、皖江工学院实验中心(基地)的日常管理，图书馆分馆为条块结合管理模式，由霍里山图书馆进行业务指导，皖江工学院实验中心(基地)主要包括智能制造工程实训中心、水情基地、智慧设施农业、安全工程消防实训基地等。